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PNA的溶解度与序列的本身纯度及大小有关。经过HPLC纯化的PNA具有较好溶解度。片段较短的比长片段的溶解度要好，但是外加的赖氨酸氨基或者其他可溶性的氨基将增加溶解度。PNA现在能合成到微摩至毫摩的浓度。
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